Společnost Bernarda Bolzana navazuje na činnost Nadace Bernarda Bolzana, která byla založena jako mezinárodní česko-německo-rakouský projekt. Předsedou správní rady byl tehdejší český ministr Jaroslav Šabata. V důsledku nových právních předpisů se nadace v roce 2002 transformovala na Společnost Bernarda Bolzana.
Hlavní činností naší společnosti je aktuálně spolupořádání mezinárodního sympozia Dialog uprostřed Evropy, která se do roku 2006 konala v Jihlavě a od roku 2007 do současnosti v Brně.