Společnost Bernarda Bolzana sdružuje občany ČR a SRN, kteří se na politické i kulturní úrovni dlouhodobě a vytrvale snaží kultivovat vztahy mezi Českou republikou a jejími německojazyčnými sousedy. Společnost usiluje o překonání předsudků ve vztahu k vlastní minulosti a o odbourání nacionálních bariér. Podporuje diskuze, které se nevyhýbají ani problematickým momentům vzájemných vztahů Čechů, Němců a dalších středoevropských národů.

Společnost nepojímá česko-německé vztahy, které stojí v centru jejího zájmu, jako bilaterální a čistě politicko-diplomatickou záležitost. Cílem Společnosti je mimo jiné vrátit minulost a současnost vztahu Čechů a Němců do širšího evropského rámce, do nějž ostatně jejich vzájemné vztahy vždy patřily. Proto se snaží o spolupráci s dalšími středoevropskými státy; ty jsou od sebe v politické, akademické i obecně kulturní sféře dosud stále méně provázány než by odpovídalo jejich společným historickým kořenům i současným potřebám.

Důležitou roli v činnosti Společnosti hrají vztahy Čechů a jejich někdejších krajanů – sudetských Němců. Diskuzi o historii těchto vztahů a kultivované připomínání této historie považujeme za integrální součást středoevropského historického povědomí. Schopnost kritického přístupu k vlastním dějinám, a to na obou stranách, je podle nás nutnou podmínku skutečně moderního společenství, které je přístupné otevřené diskuzi. V současné době je jedním z cílů Společnosti napomáhat vzniku instituce, která bude připomínat tragicky ukončenou historii německé společnosti a kultury v českých zemích.

Veškerou svojí činností se Společnost Bernarda Bolzana snaží podpořit rozvoj občanské společnosti, jež je základem pro porozumění mezi lidmi různých národností. Členové Společnosti Bernarda Bolzana se domnívají, že je na jedné straně nesmírně důležité hledat a nacházet hluboký a intenzívní vztah k místu, které považujeme za náš domov, k naší zemí a našemu mateřskému jazyku. Veškerá činnost Společnosti ovšem zároveň vychází z přesvědčení, že nacionalismus v té podobě, v níž se vyvinul v posledních dvou staletích, nadále představuje nebezpečnou sílu, která je bohužel až příliš často využívána populistickou a krátkozrakou politikou. Proti nebezpečí šovinismu v jakékoli podobě a proti takové politice chce Společnost bojovat; prostřednictvím otevřených diskuzí, společným hledáním i podporou rozumné a nealibistické politiky založené na hodnotách, které Evropu, na rozdíl od nacionalismu, sjednocují a posilují. Z tohoto důvodu se hlásíme k odkazu velkého myslitele a filosofa, pražského rodáka Bernarda Bolzana – vlastence, který se považoval za německy mluvícího Čecha. Společnost Bernarda Bolzana tak chce přispívat ke vzniku pozitivně naladěné a konstruktivní politiky ve střední Evropě.

Společnost Bernarda Bolzana navazuje na Nadaci Bernarda Bolzana, která působila v letech 1991-2004. Přerod Nadace ve Společnost znamená jen formální a organizační proměnu, nikoli obsahovou a z větší části ani personální změnu.